Team des Laserinstitut Hochschule Mittweida

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Prof. Dr. rer. nat.

Richard Börner

Vorstand

Kontaktdaten

Laserinstitut Hochschule MittweidaTechnikumplatz 17, 09648 Mittweida+49 3727 581009boerner1(at)hs-mittweida.de

Besucheranschrift

Schillerstr. 10, 09648 MittweidaRaumnummer: 42-109

Forschungsgebiete:

Single-molecule fluorescence spectroscopy
smFRET (TIRF and confocal)
RNA folding and function
FRET software development in Matlab and Python

Projekte

RNA Dynamik mithilfe von smFRET und nsFCS aufklären und in hybride RNA Strukturmodelle integrieren (RNAdyn)

Laufzeit: 01.03.2024 - 28.02.2028
finanziert durch: Deutsche Forschungsgemeinschaft
Förderkennzeichen: 537331625
Projektleiter: Prof. Dr. rer. nat. Richard Börner

Innovationscluster HSMW 2023, AP03: Integration der kHz und MHz Steuerung in ein modulares Fluoreszenzlesegerät

Laufzeit: 01.04.2023 - 31.12.2026
finanziert durch: Sächsisches Staatsministerium für Wissenschaft, Kultur und Tourismus
Förderkennzeichen: 100685484
Projektleiter: Prof. Dr. rer. nat. Richard Börner

LAsertechnologien für eine zukunftsorientierte und NAchhaltige sächsische Wirtschaft (LaNa-Sax), TP1

Laufzeit: 01.01.2023 - 31.01.2025
finanziert durch: Europäische Union
Förderkennzeichen: 100649226
Projektleiter: Prof. Dr. rer. nat. Richard Börner

Innovationsvorhaben zur Profilschärfung 2022, AP 4.15 High-throughput TIRF Mikroskopie mit integrierter Mikrofluidik für die RNA FRET-Sensor- Technologieentwicklung

Laufzeit: 01.03.2022 - 31.12.2022
finanziert durch: Sächsisches Staatsministerium für Wissenschaft, Kultur und Tourismus
Projektleiter: Prof. Dr. rer. nat. Richard Börner

Digitale Lasertechnologien für den Ausbau der sächsischen Wirtschaft (DigiLAS-Sax), TP1

Laufzeit: 01.01.2022 - 31.12.2022
finanziert durch: Europäische Union
Förderkennzeichen: 100602650
Projektleiter: Prof. Dr. rer. nat. Richard Börner

Vorhandene Laser-Infrastruktur stärken und mit der Biophotonik die Zukunft der Laserforschung an der Hochschule Mittweida gestalten – BIOphotonik und LAsertechnologien Sachsen (BIOLASAX), Teilprojekt Biophotonik - Laseranwendung in der Biologie

Laufzeit: 01.01.2022 - 31.12.2024
finanziert durch: Deutsche Forschungsgemeinschaft
Förderkennzeichen: 683554
Projektleiter: Prof. Dr. rer. nat. Richard Börner

Innovationscluster HSMW 2021, AP 9-07: Forschungsanschub zur Steigerung der Drittmittelfähigkeit der Hochschule

Laufzeit: 01.07.2021 - 31.12.2021
finanziert durch: Sächsisches Staatsministerium für Wissenschaft, Kultur und Tourismus
Projektleiter: Prof. Dr. rer. nat. Richard Börner

Innovationscluster HSMW 2021, AP 9-16: Forschungsanschub zur Steigerung der Drittmittelfähigkeit der Hochschule

Laufzeit: 01.07.2021 - 31.12.2021
finanziert durch: Sächsisches Staatsministerium für Wissenschaft, Kultur und Tourismus
Projektleiter: Prof. Dr. rer. nat. Richard Börner

Publikationen

V. Schumann, F. Lein, R. Börner

Automatische Probenpräparation mit Druckluft-gesteuerter Mikrofluidik

In: BIOspektrum 30 (2024), S. 183 - 185, DOI: 10.1007/s12268-024-2132-y

M. Götz, A. Barth, S. Bohr, R. Börner, J. Chen, T. Cordes, D. Erie, C. Gebhardt, M. Hadzic, G. Hamilton, N. Hatzakis, T. Hugel, L. Kisley, D. Lamb, C. de Lannoy, C. Mahn, D. Dunukara, D. de Ridder, H. Sanabria, J. Schimpf, C. Seidel, R. Sigel, M. Sletfjerding, J. Thomsen, L. Vollmar, S. Wanninger, K. Weninger, P. Xu, S. Schmid

Reply to: On the statistical foundation of a recent single molecule FRET benchmark

In: Nature Communications 15 (2024), S. 3626, DOI: 10.1038/s41467-024-47734-2

E. Ploetz, B. Ambrose, A. Barth, R. Börner, F. Erichson, A. Kapanidis, H. Kim, M. Levitus, T. Lohman, A. Mazumder, D. Rueda, F. Steffen, T. Cordes, S. Magennis, E. Lerner

A new twist on PIFE: photoisomerisation-related fluorescence enhancement

In: arXiv, 2023, DOI: 10.48550/arxiv.2302.12455

E. Ploetz, B. Ambrose, A. Barth, R. Börner, A. Kapanidis, H. Kim, M. Levitus, T. Lohman, A. Mazumder, D. Rueda, F. Steffen, T. Cordes, S. Magennis, E. Lerner, F. Erichson

A new twist on PIFE: photoisomerisation-related fluorescence enhancement

In: Methods and Applications in Fluorescence, 2023, DOI: 10.1088/2050-6120/acfb58

V. Schumann, F. Lein, J. Weiler, A. Yang, J. Drechsel, A. Streek, R. Börner

Pressure-controlled microfluidics for automated single-molecule sample preparation

In: HardwareX, 2023, DOI: https://doi.org/10.1016/j.ohx.2023.e00425

A. Barth, S. Bohr, R. Börner, J. Chen, T. Cordes, D. Erie, C. Gebhardt, M. Hadzic, G. Hamilton, N. Hatzakis, T. Hugel, L. Kisley, D. Lamb, C. de Lannoy, C. Mahn, D. Dunukara, D. de Ridder, H. Sanabria, J. Schimpf, C. Seidel, R. Sigel, M. Sletfjerding, J. Thomsen, L. Vollmar, S. Wanninger, K. Weninger, P. Xu, S. Schmid

A blind benchmark of analysis tools to infer kinetic rate constants from single-molecule FRET trajectories

In: Nature Communications 13 (2022), S. 5402, DOI: 10.1038/s41467-022-33023-3

R. Börner, F. Erichson, F. Steffen

FRET-assisted RNA modeling

Präsentiert auf: 7th European Workshop on Advanced Fluorescence Methods, 2022

R. Börner, V. Schumann

From in vitro transcription to biophotonic assays: a complete RNA production line including RNA labeling

Präsentiert auf: EMBO | EMBL Symposium: The complex life of RNA, 2022

P. Vierig, R. Börner

Protein Expression Pipeline for Research on Folding Helper Proteins for Ribosomal RNA

Präsentiert auf: 22. Nachwuchswissenschaftler:innen Konferenz 2022, 2022

A. Yang, R. Börner

Setup of a TIRF Microscope With Attached Microfluidics for the Detection of Fluorescently Labeled Single Molecules

Präsentiert auf: 22. Nachwuchswissenschaftler:innen Konferenz 2022, 2022

M. Hadzic, R. Sigel, R. Börner

Single-Molecule Kinetic Studies of Nucleic Acids by Förster Resonance Energy Transfer

In: DNAzymes, 2022, S. 173 - 190, DOI: 10.1007/978-1-0716-2047-2_12

R. Börner, A. Yang

ms-sALEX-TIRF microscopy for the detection of single molecule dynamics down to milliseconds

Präsentiert auf: 27th International Workshop on Single Molecule Spectroscopy and Super-resolution Microscopy, 2022

R. Börner

An Intelligent Mechanical Arm in a Fluorescent Nucleoside Mimic: DNA Dynamics Detection

Präsentiert auf: IUPAC| CCCE 2021, the 48th World Chemistry Congress and 104th Canadian Chemistry Conference and Exhibition, 2021

R. Börner, F. Steffen, F. Erichson

FRET-assisted structural model of the GAAA RNA tetraloop receptor

In: Scientific Reports 2021, Ökologische Transformation in Technik, Wirtschaft und Gesellschaft? Nr. 2, 2021 (2021), S. 230 - 233, DOI: 10.48446/opus-12283

R. Börner, F. Steffen, R. Sigel, F. Erichson

FRET-assisted structural modeling of RNA ensembles

Präsentiert auf: RNA 2021, 2021

E. Lerner, A. Barth, J. Hendrix, B. Ambrose, V. Birkedal, S. Blanchard, R. Börner, H. Sung Chung, T. Cordes, T. Craggs, A. Deniz, J. Diao, J. Fei, R. Gonzalez, I. Gopich, T. Ha, C. Hanke, G. Haran, N. Hatzakis, S. Hohng, S. Hong, T. Hugel, A. Ingargiola, C. Joo, A. Kapanidis, H. Kim, T. Laurence, N. Lee, T. Lee, E. Lemke, E. Margeat, J. Michaelis, X. Michalet, S. Myong, D. Nettels, T. Peulen, E. Ploetz, Y. Razvag, N. Robb, B. Schuler, H. Soleimaninejad, C. Tang, R. Vafabakhsh, D. Lamb, C. Seidel, S. Weiss

FRET-based dynamic structural biology: Challenges, perspectives and an appeal for open-science practices

In: eLife 10 (2021), DOI: 10.7554/elife.60416

R. Börner, F. Steffen, R. Sigel

FRETraj: Integrating single-molecule spectros-copy in molecular dynamics simulation

DOI: 10.1093/bioinformatics/btab615

Inferring kinetic rate constants from single-molecule FRET trajectories – a blind benchmark of kinetic analysis tools

In: bioRxiv, 2021, DOI: 10.1101/2021.11.23.469671

A. Winkler, M. Oborská-Oplová, V. Panse, R. Börner

Metallionen-abhängige Faltung eines ribosomalen Tertiärkontaktes

In: Tagungsband 21. Nachwuchswissenschaftler*innenkonferenz, 2021, S. 143 - 145

H. Michaelsen, R. Börner

Optimization of an optical setup for combined TIRF/confocal fluorescence microscopy

In: Scientific Reports 2021, Ökologische Transformation in Technik, Wirtschaft und Gesellschaft? 2/2021, S. 234 - 236, DOI: 10.48446/opus-12286

R. Börner, M. Oborská-Oplová, L. Gillet, R. van Nues, A. Leitner, E. Michel, J. Petkowski, S. Granneman, R. Sigel, R. Aebersold, V. Panse

Puf6 primes 60S pre-ribosome nuclear export at low temperature

In: Nature Communications 12 (2021), S. 4696, DOI: 10.1038/s41467-021-24964-2

L. Krenkel, T. Schlosser, D. Kowerko, R. Börner

Sorting of Single-Molecule Trajectories by means of Machine Learning - a status update on the annotation procedure

In: Scientific Reports 2021, Ökologische Transformation in Technik, Wirtschaft und Gesellschaft? Nr. 2, 2021/2021, S. 126 - 129, DOI: 10.48446/opus-12292

V. Schumann, R. Börner

Vom Plasmid-Design zur in vitro transkribierten RNA: Eine komplette RNA-Produktionslinie

In: Tagungsband 21. Nachwuchswissenschaftler*innenkonferenz, 2021, S. 126 - 128

A. Karimi, R. Börner, G. Mata, N. Luedtke

A Highly Fluorescent Nucleobase Molecular Rotor

In: Journal of the American Chemical Society 142 (2020), S. 14422 - 14426, DOI: 10.1021/jacs.0c05180

S. Zelger-Paulus, M. Hadzic, R. Sigel, R. Börner

Encapsulation of Fluorescently Labeled RNAs into Surface-Tethered Vesicles for Single-Molecule FRET Studies in TIRF Microscopy

In: Methods in Molecular Biology, 2020, S. 1 - 16, DOI: 10.1007/978-1-0716-0278-2_1

F. Steffen, M. Khier, D. Kowerko, R. Cunha, R. Börner, R. Sigel

Metal ions and sugar puckering balance single-molecule kinetic heterogeneity in RNA and DNA tertiary contacts

In: Nature Communications 11 (2020), S. 104, DOI: 10.1038/s41467-019-13683-4

R. Börner, R. Sigel, F. Steffen, D. Kowerko

Metal ions and sugar puckering balance single-molecule kinetic heterogeneity in RNA and DNA tertiary contacts

Präsentiert auf: RNA 2020, 2020

M. Zhao, R. Börner, R. Sigel, E. Freisinger

Site-Specific Dual-Color Labeling of Long RNAs

In: Methods in Molecular Biology, 2020, S. 253 - 270, DOI: 10.1007/978-1-0716-0231-7_16

E. Lerner, B. Ambrose, A. Barth, V. Birkedal, S. Blanchard, R. Börner, T. Cordes, T. Craggs, T. Ha, T. Hugel, A. Ingargiola, A. Kapanidis, D. Lamb, T. Laurence, N. Lee, E. Lemke, E. Margeat, J. Michaelis, X. Michalet, D. Nettels, T. Peulen, B. Schuler, C. Seidel, H. So-leimaninejad, S. Weiss

The FRET-based structural dynamics challenge -- community contributions to consistent and open science practices

In: arXiv, 2020, DOI: https://arxiv.org/abs/2006.03091

A. Winkler, R. Börner

The Fast and the Furious – Die Bildung von RNA-Tertiärkontakten als Geschwindigkeislimit der RNA-Faltung

In: Tagungsband der 5. Konferenz für studentische Forschung, Forschungstriebe – Wachsen durch Wissenschaft, 2020, S. 43

R. Börner, F. Steffen, M. Khier, R. Cunha, R. Sigel

Einzelmolekülstudien für das Verständnis der Metallionen-abhängigen Interaktion von RNA/RNA und RNA/DNA Tertiärkontakten

Präsentiert auf: 11. Mittweidaer Lasertagung, 2019

R. Börner, M. Ritter, D. Kowerko, M. Hadzic, F. Steffen, S. König, R. Sigel, S. Zelger-Paulus

MASH-FRET: A software package for next generation analyzing of single-molecule fluorescence data

Präsentiert auf: 19th International Conference on Biological Inorganic Chemistry, 2019

F. Steffen, R. Börner, E. Freisinger, R. Sigel

Stick, Flick, Click: DNA-guided Fluorescent Labeling of Long RNA for Single-molecule FRET

In: CHIMIA International Journal for Chemistry 73 (2019), S. 257 - 261, DOI: 10.2533/chimia.2019.257

E. Ahunbay, S. Zelger-Paulus, R. Börner, R. Sigel

Watching the self-catalyzed splicing of a group II intron with single-molecule sensitivity

Präsentiert auf: EMBO | EMBL Symposium - The non-coding genome, 2019

B. Paudel, E. Fiorini, R. Börner, R. Sigel, D. Rueda

Optimal molecular crowding accelerates group II intron folding and maximizes catalysis

In: Proceedings of the National Academy of Sciences 115 (2018), S. 11917 - 11922, DOI: 10.1073/pnas.1806685115

Z. Wang, F. Steffen, A. Dominguez-Martin, Y. Zhong, Q. Cao, Z. Mao, R. Börner, R. Sigel

Photophysical investigation on the interaction between Pt(II) complexes and an RNA G-quadruplex

Präsentiert auf: Abstracts of the Fall Meeting of the Swiss Chemical Society, 2018

M. Hadzic, R. Börner, S. König, D. Kowerko, R. Sigel

Reliable State Identification and State Transition Detection in Fluorescence Intensity-Based Single-Molecule Förster Resonance Energy-Transfer Data

In: The Journal of Physical Chemistry B 122 (2018), S. 6134 - 6147, DOI: 10.1021/acs.jpcb.7b12483

R. Börner, M. Hadzic, D. Kowerko, S. König, M. Ritter, R. Sigel

Reliable State Identification and State Transition Detection of Fluorescence Intensity-Based smFRET Data

Präsentiert auf: Biennial Meeting of the German Biophysical Society, 2018

R. Börner, D. Kowerko, M. Hadzic, S. König, M. Ritter, R. Sigel

Simulations of camera-based single-molecule fluorescence experiments

In: PLOS ONE 13 (2018), S. e0195277, DOI: 10.1371/journal.pone.0195277

M. Zhao, F. Steffen, R. Börner, M. Schaffer, R. Sigel, E. Freisinger

Site-specific dual-color labeling of long RNAs for single-molecule spectroscopy

In: Nucleic Acids Research 46 (2018), S. e13 - e13, DOI: 10.1093/nar/gkx1100

F. Steffen, M. Zhao, R. Börner, M. Schaffer, R. Sigel, E. Freisinger

Site-specific two-color labeling of long RNAs for single-molecule FRET

Präsentiert auf: Swiss RNA Workshop, 2018

M. Gulotti-Georgieva, S. Zelger-Paulus, R. Börner, R. Sigel

Studying the splicing and folding of the wild type group II intron Sc. ai5γ at non-physiological and near-physiological conditions

Präsentiert auf: Gordon Research Conference - Single Molecule Approaches to Biology, 2018

M. Gulotti-Georgieva, S. Zelger-Paulus, R. Börner, R. Sigel

Studying the splicing of the wild type group II intron Sc. ai5γ at non-physiological and near-physiological conditions

Präsentiert auf: EMBO workshop RNA: Structure meets function, 2018

F. Steffen, R. Sigel, R. Börner

An atomistic view on carbocyanine photophysics in the realm of RNA

In: Physical Chemistry Chemical Physics 18 (2016), S. 29045 - 29055, DOI: 10.1039/c6cp04277e

M. Hadzic, D. Kowerko, R. Börner, S. Zelger-Paulus, R. Sigel

Detailed analysis of complex single molecule FRET data with the software MASH

In: Imaging, Manipulation, and Analysis of Biomolecules, Cells, and Tissues IX, 2016, DOI: 10.1117/12.2211191

H. Guiset Miserachs, D. Donghi, R. Börner, S. Johannsen, R. Sigel

Distinct differences in metal ion specificity of RNA and DNA G-quadruplexes

In: JBIC Journal of Biological Inorganic Chemistry 21 (2016), S. 975 - 986, DOI: 10.1007/s00775-016-1393-4

R. Börner, D. Kowerko, H. Miserachs, M. Schaffer, R. Sigel

Metal ion induced heterogeneity in RNA folding studied by smFRET

In: Coordination Chemistry Reviews 327-328 (2016), S. 123 - 142, DOI: 10.1016/j.ccr.2016.06.002

R. Börner, N. Ehrlich, J. Hohlbein, C. Hübner

Single Molecule 3D Orientation in Time and Space: A 6D Dynamic Study on Fluorescently Labeled Lipid Membranes

In: Journal of Fluorescence 26 (2016), S. 963 - 975, DOI: 10.1007/s10895-016-1784-5

E. Fiorini, R. Börner, R. Sigel

Mimicking the in vivo Environment – The Effect of Crowding on RNA and Biomacromolecular Folding and Activity

In: CHIMIA International Journal for Chemistry 69 (2015), S. 207, DOI: 10.2533/chimia.2015.207

S. König, M. Hadzic, E. Fiorini, R. Börner, D. Kowerko, W. Blanckenhorn, R. Sigel

BOBA FRET: Bootstrap-Based Analysis of Single-Molecule FRET Data

In: PLOS ONE 8 (2013), S. e84157, DOI: 10.1371/journal.pone.0084157

R. Börner, D. Kowerko, S. Krause, C. Borczyskowski, C. Hübner

Efficient simultaneous fluorescence orientation, spectrum, and lifetime detection for single molecule dynamics

In: The Journal of Chemical Physics 137 (2012), S. 164202, DOI: 10.1063/1.4759108

S. Krause, D. Kowerko, R. Börner, C. Hübner, C. von Borczyskowski

Spectral Diffusion of Single Molecules in a Hierarchical Energy Landscape

In: ChemPhysChem 12 (2011), S. 303 - 312, DOI: 10.1002/cphc.201000678