LaNa-Sax

LaNa-Sax

Effiziente und ressourcenschonende Fluoreszenzmarkierung für die biophotonische Charakterisierung von RNA-Molekülen

Ein zentrales Ergebnis dieses Teilprojektes ist die Etablierung einer funktionierenden RNA-Produktions- und Charakterisierungspipeline, die die Herstellung und Aufreinigung von RNA direkt mit biophotonischen Messungen koppelt. Neben der RNA-Aufreinigung wurden verschiedene high-throughput-Workflows etabliert, darunter Assays für FRET, UV/Vis-Absorption, Fluoreszenzlebensdauer und dynamische Anisotropie. Mit diesen high-throughput Messungen wurden umfangreiche Datensätze über einen Temperaturbereich von 21 °C - 65 °C (bis 90 °C bei UV/VIS) für vier Metallionen in verschiedener Kombination sowie für vier RNA-Konstrukte erzeugt. Damit ist eine strukturelle Charakterisierung der RNA in Abhängigkeit von Metallionen, Temperatur und Sequenz ermöglicht worden. Darüber hinaus ergänzen dies Fluoreszenzlebensdauer und dynamische Anisotropie um dynamikbezogene Informationen. Für die Auswertung der Datensätze wurden python-basierte Auswerteroutinen etabliert und in Jupyter Notebooks umgesetzt.